John Sheppard (Joe Flanigan)

Podplukovník John Sheppard je důstojník Letectva Spojených států. Do mise Dr. Elizabeth Weirové na Atlantidu se dostal náhodně, když jako pilot generála O'Neilla na základně Antiků v Antarktidě zjistil, že má antický gen a dovede tak ovládat a kontrolovat antická zařízení. Krátce po příchodu na Atlantidu se stane vojenským velitelem. Vede vlastní tým vydávající se na jiné planety, v němž je Rodney McKay, Ronon Dex, Teyla Emmagan a do třetí série i doktor Carson Beckett. V průběhu seriálu se dostane mnohokrát do střetu s jinými rasami a živočichy. Málem zemře, když se mu na krk přisaje eratuský brouk. Po napadeníwraithskou dívkou se sám začne proměňovat ve wraitha. Jeho velký nepřítel je bývalý Geniiský velitel Kolja. V jedné epizodě je jím nalákán do pasti a vzat jako rukojmí. Kolja poté požaduje od Weirové puddle jumpery, jinak se na Sheppardovi bude krmit Wraith. Sheppard se však nakonec s Wraithem domluví a oba utečou. Když jsou skoro dopadeni Geniiskými vojáky, vezme Wraith Sheppardovi poslední zbytky jeho životní síly, aby vojáky přemohl. Poté mu tzv. „darem života“ vrátil jako jeho životní sílu, tak i mládí. Je velkým vzorem pro své kolegy z týmu a jedním z jeho nejlepších přátel je Rodney McKay. V jedné epizodě měl milostný vztah s Antičkou, za což mu pak McKay někdy říká kapitáne Kirku.