1x13    -    Horká zóna

McKay, Ford, Zelenka a tým několika dalších zkoumá chodby Atlantis, aby zjistili poškození po bouři. To překvapivě není tak velké, jak by čekali a Elizabeth jim dovolí se vrátit. Chybí jim ale dva vědci, Wagner a Johnsonová. Když se ve vysílačce ozve zoufalý hlas Wagnera, který žádá posily, běží tam, ale je už pozdě. Najdou jen mrtvého Wagnera a hysterickou Johnsonovou, která po záchvatu také umírá. McKay neváhá a žádá kontaminační tým, protože je mu divné, že by někdo jen tak náhle umřel potom, co měl halucinace. Ostatním se to pořád nezdá a tak jim hlasitě a jasně vysvětlí, že pokud Wagner a Johnsonová byli nakaženi virem, který se nepřenáší vzduchem, jsou v bezpečí a počkají na Becketta a jeho tým, který je prohlédne. Pokud ten virus ale byl přenosný, tak je možné, že už jsou všichni nakaženi a návrat do města by mohl ohrozit ostatní obyvatele.

Doktorka Weirová mezitím vyhlašuje karanténu, a protože neví, co se vlastně děje, zakáže veškerý pohyb po městě a rozkáže, aby všichni zůstali, kde jsou. To se nelíbí Sheppardovi, který zrovna trénoval s Teylou a musí tím pádem zůstat v tělocvičně. I přes jeho námitky ho Elizabeth ujistí, že je s ní Bates a že to zvládnou.

McKay s Fordem objeví laboratoř, která byla nejspíš poškozena při bouři a kde bylo uskladněno něco, co se velmi pravděpodobně dostalo do vzduchu. Při průzkumu laboratoře a dat, uložených v jejích počítačích, začne mít halucinace i doktorka Dumais, která zanedlouho také umírá. McKay už urguje Elizabeth, aby sebou Beckett hodil. A aby toho nebylo málo, zdá se, že doktor Peterson, jenž měl předtím nejhlasitější námitky, zpanikařil a vydal se zpět do města. V kontrolní místnosti se ho Grodin snaží zastavit zablokováním dveří, ale McKay upozorní Elizabeth, že Peterson toho ví o Antické technologii hodně a zablokované dveře ho jen zpomalí. Sheppard to všechno slyší a chce jít na pomoc. To se Elizabeth nelíbí a odmítá to a nakonec poručí Grodinovu zamknout dveře tělocvičny, protože major už byl na cestě ven. Sheppardovi se to pochopitelně nelíbí a tak dá přímý rozkaz Batesovi, aby dveře odemkl. Po krátkém zaváhání to Bates udělá a Sheppard tak může s Teylou do laboratoře pro ochranné obleky, aby mohli jít do města pronásledovat Petersona. Ten si to pořád razí městem a blíží se ke kontrolní místnosti.

Beckett mezitím dorazil ke skupince vědců a začne s prohlídkou. Ale ani potom nejsou o moc moudřejší. Jediné, co se díky pitvám Wagnera a Johnsonové dovídají je, že všichni měli těsně před smrtí halucinace a poškozenou zrakovou kůru. McKay se Zelenkou tedy hledají něco v databázi, co by mělo podobné symptomy. To se jim nakonec povede, ale v tu chvíli se začnou halucinace projevovat i u McKaye a dalšího z jejich skupiny, Hayese. Zelenka poukazuje na to, že ti dva přímo "vrazili" do doktorky Dumais, která se předtím setkala právě s Wagnerem a Johnsonovou. Takže McKay a Hayes jsou další na řadě.

Sheppard s Teylou dostihnou Petersona, na němž se už také projevují známky viru. Po krátkém přemlouvání je přesvědčí, že tedy s majorem půjde do Beckettovy laboratoře. Ovšem v nestřežené chvíli skočí do transportéru. Sheppard ho střelí a Peterson vypadne z transportéru už mrtvý na tom nejnevhodnějším místě-v jídelně, kde je dalších třicet lidí. Město na to reaguje po svém. Začne se uzavírat a odřízne tak i kontrolní místnost. Nikdo nikam nemůže odejít. Jen Sheppard s Teylou se po městě mohou pořád pohybovat, protože mají obleky, které zabránili nakažení a pro město tak nejsou hrozbou. Jdou tedy do jídelny, uklidnit skupinku lidí, kteří jsou tam uvězněni s mrtvým Johnsonem. McKay se pomalu připravuje na to, že je další, kdo umře, ale pořád hledá aspoň původ nemoci. Než ale může cokoliv říct, Hayes se dostává do posledního stádia a umírá. Rodney tedy posílá po ostatních vzkaz své sestře a snaží se Zelenkovi v rychlosti předat instrukce o všem možném. Ale když čeká, že začne mít halucinace, znamenající smrt, nic se neděje a nikdo neví proč. Rodeny tedy začne teoretizovat, že všichni měli stejné halucinace způsobené stejnými symptomy. Pak objeví v databázi důvod-nanovirus. Ten měl zabíjet lidi, ale pouze ty, kteří nemají ATA gen. To se nelíbí Zelenkovi s Fordem, kteří jsou další nakažení a mají necelé 2 hodiny. McKay vymyslí plán, že nanité jsou stroje, a ty jde vypnout pomocí elektromagnetického pulsu. Volá tedy Sheppardovi, který to jako jediný může provést a posílá ho do své laboratoře, kde je generátor EM pole. To ale napoprvé nezabere, protože puls má příliš krátký dosah. Oba tak přemluví Elizabeth, aby dovolila obětovat jeden naquadahový generátor, jehož exploze v atmosféře, která vlastně bude nukleární, uvolní spoustu elektromagnetické energie. Když zdráhavě souhlasí, Sheppard bere generátor na palubu Jumperu a těsně nad planetou ho uvolní a odpálí. Po chvíli napětí se major ozve, že je v pořádku a navíc exploze zabrala, takže město je znovu jejich a všichni nakažení budou v pořádku.

Později, když Elizabeth Shepparda chválí a zároveň kárá ve své kanceláři, jejich rozhovor přeruší McKay s Beckettem. Zkoumali nanovirus a vyloučili, že by ho vytvořili Wraithové. Nevědí, kdo ho vytvořil a musejí jen doufat, že tvůrce už není nikde poblíž.