Rodney se vrací na Atlantis ve chvíli, kdy jsou už všichni připraveni k evakuaci. Zbývá už jen zadat autodestrukci. To doktorka Weirová s majorem udělají a když se Rodney chystá zadat stanoviště Alpha, vytvoří se příchozí červí díra s potvrzovacím kódem z SGC. Překvapeně sledují, jak bránou procházejí vojáci s vybavením a muž, který se představí jako plukovník Everett. V SGC dostali zprávu, kterou doktor McKay před časem poslal (epizoda Letters from Pegasus) a tak vyslali pomoc bránit Atlantis. Na cestě je totiž loď Daedalus, která s pomocí ZPM nalezeného na Zemi dorazí do tří dnů. Zbývá tedy jen město do té doby ubránit. Radost ale vystřídá rozčarování, když nejenže Everett oznámí, že přebírá velení, ale navíc odmítá Elizabeth pustit i na soukromá jednání. Když Everett začne udílet rozkazy, Sheppard je naopak odmítne vyplnit a namítá, že doktorka Weirová by měla při projednávání strategie být, protože má respekt u lidí ve městě, kteří budou poslouchat jí, nikoliv Everetta. Plukovník to tedy s velkou nevolí uzná a dovolí Elizabeth zůstat. Everett potom řekne svůj plán, který vlastně sestává jen z toho, aby Wraithy co nejvíce zdrželi. Mají miny, které mohou umístit do vesmíru, mezi Atlantis a Wraithskou flotilu. S pomocí Jumperů je tam dopraví a chce, aby Sheppard naučil všechny jeho lidi s Jumpery létat. Všichni totiž, včetně Everetta, podstoupili genovou terapii. Shepaprd chce letět taky, ale Everett má pro něj jinou práci. Přivezli dva náhradní naquadahové generátory, které by měly mít dost energie na aktivaci antického křesla a na střílení dronů. Všichni s tím souhlasí, i když Sheppard poukazuje na nedostatky, které ale plukovník neuznává.
McKay se Zelenkou se pouštějí do aktivace židle a protože není po ruce Sheppard, který trénuje piloty, musí jim pomoct velmi neochotný Carson. Při aktivaci objeví jiný problém-nemají dost dronů, protože ty nejspíš byly vyčerpány při první bitvě Antiků s Wraithy. Everett, jenž si mezitím stihl znepřátelit i Teylu, když jí a jejím lidem nedovolil zúčastnit se obrany města, se pohádá i s McKayem. Ale jejich argumentaci přeruší letící objekty, které se objevily nad planetou. Na Wraithy je to ale příliš brzo. Rodney zkoumáním zjistí, že jsou to asteroidy, které Wraithové poslali proti jejich minám, aby je zneškodnili. To se jim nejen podaří, ale navíc oslepí i dálkové senzory, takže na Atlantis nemohou sledovat postup jejich flotily.
Everett chce vědět o městě a Pegasu co nejvíc, a tak mu Sheppard ukáže místnost s hologramem, kde mu pustí obraz galaxie a řekne mu o postupu Wraithů a porážce Antiků. Plukovník má ovšem na srdci i něco jiného. Vyčítá Sheppardovi, že plukovníka Sumnera zastřelil, místo aby se ho pokusil zachránit. Major oponuje, že neměl na výběr a že si to Sumner sám přál. Než se ale stihnou opravdu pohádat, volá doktorka Weirová z kontrolní místnosti.
Wraithové se přiblížili a jak Rodney předpověděl, jejich oslepené senzory si jich nevšimli. Everett rozkazuje zhasnout ve městě světla a čekají na přílet Wraithských stíhaček. Sheppard běží do místnosti s křeslem, aby použil těch několik tucet dronů, ale McKayovi se ještě nepodařilo zapojit náhradní generátor. Wraithové zatím začali sebevražedné nálety na město a způsobují tak velké škody. Vojáci střílejí ze zbraní, které přinesli a daří se jim aspoň trochu město chránit. Ale Wraithové mají přece jen pořád navrch. Rodneymu se podaří zapnout křeslo a Sheppard začne střílet drony. Jeho pomoc přijde právě včas, aby odrazil útok a Wraithové se na chvíli stáhnou.
Jenže drony jsou vyčerpány a není nic, co by mohlo odrazit další vlnu útoku. McKay se na Everetta utrhne, že pokaždé když selžou vojenské prostředky, tak se obracejí na vědce. S nápadem přijde Sheppard. Navedou zamaskovaný Jumper s bombou přímo do Wraithské lodě a odpálí. Ale Zelenka s McKayem musí přijít na to, jak Jumper dálkově ovládat. A když McKay se Zelenkou odcházejí řešit tenhle problém, Shepparda napadá, kde by mohli získat jaderné zbraně pro zničení lidí, protože sami žádné nemají. Major navrhne, aby požádali Genii, ale Elizabeth si není jistá, jestli budou ochotni pomoct.
Během jejich diskuze vtrhne do místnosti s bránou Teyla a tvrdí, že Wraithové jsou už ve městě. Nejspíš se do města přenesli při útocích, když vybuchli jejich stíhačky. Teyla se se svými lidmi nabídne, že jim pomohou v hledání a Everett ochotně souhlasí, protože sám nemá dost lidí.
A tak zatímco vojáci a Athosiané prohledávají město, McKay se Zelenkou s neochotným Beckettem zkoušejí, jak pomocí křesla navádět Jumpery. Zelenka jde do hangáru a McKay zůstává s Beckettem.
Elizabeth v kontrolní místnosti dostala krátkou zprávu od Genii, že mohou poslat jednoho neozbrojeného zástupce. Doktorka to dá vědět Everettovi a vydá se k Genii sama. Nečeká ji ovšem moc vřelé přivítání, když ji s rukama svázanýma za zády a zavázanýma očima uvedou k muži jménem Prenum. Ten ji nenabízí pomoc, ale naopak. Genii byli také napadeni Wraithy, ale díky podzemním komplexům se Genii stihli včas schovat a zachránit tisíce životů. Ovšem teď je očividné, že Wraithy planeta Genii už nezajímá a tak mohou vyzkoušet své zbraně sami, bez pomoci lidi z Atlantis. Ovšem potřebují ještě C4 k dokončení a tu chtějí vyměnit za život doktorky Weirové. Ta je ale příliš zoufalá než aby se nechala zastrašit a nabízí jim ozkoušení jejich zbraně bez jakéhokoliv nebezpečí pro Genii.
Rodney se snaží donutit Carsona, aby na dálku aktivoval Jumper. Po napjaté chvíli čekání se to Carsonovi opravdu pořadí a Rodney si oddychne, ale jen do chvíle než se mu ve vysílačce ozve Elizabeth, že přivezla dva prototypy Geniiských zbraní.
V chodbách města ze zatím všem daří zneškodnit i poslední skupinku Wraithů. Ovšem problémy se hromadí dál. Geniiské zbraně nejsou hotové a tak je McKay se Zelenkou musí dokončit a to bude trvat nejméně další den.
Blíží se další vlna Wraithských stíhaček a tak zatímco McKay se Zelenkou dokončují zbraně a vojáci se připravují na útok, napětí stoupá. Když jsou zbraně dokončené, Zelenka je s Fordem převážejí do Jumperů a McKay se Sheppardem jdou ke kontrolnímu křeslu, aby je aktivovali. Jenže jako obvykle, i tentokrát se objeví další problém. Wraithové zničili jeden z náhradních generátorů a tak křeslo nemá dost energie. Sheppard neváhá a běží do hangáru, aby Jumper sám navedl. Elizabeth se ho pokusí zastavit, ale sama ví, že nemají na výběr.
Elizabeth dává rozkaz k evakuaci a přitom sleduje postup Wraithských lodí, které se nezadržitelně blíží a vysílají další vlnu stíhaček. Bitva se znovu rozhoří naplno. Elizabeth jen všechno zoufale sleduje z kontrolní místnosti. Everett ji pobízí, aby si pospíšili s Jumpery, ale sám je napaden Wraithem. Ford s několika vojáky je na jednom z balkónů také překvapen další skupinou nepřátel. Ani Teyla se už neozývá na volání doktorky Weirové.
Atlantis prohrává. A nad její planetou se major Sheppard blíží v neviditelném Jumperu k Wraithské lodi.